Во время Великой Отечественной войны в 1942 году где-то на Севере немецкий корабль захватывает советскую баржу, перевозящую уголь. На борту корабля находятся шкипер Тихон и кочегар Анатолий. Оба попытались спрятаться в угле, но немецкие моряки находят последнего. Анатолий соглашается сдаться в плен. Немцы спрашивают у Анатолия по-немецки, где его капитан; кочегар, несмотря на незнание немецкого языка, всё же выдаёт Тихона. Пленников ставят у борта с намерением расстрелять. Анатолий начинает рыдать, умоляя сохранить ему жизнь, Тихон же держится спокойно и демонстративно закуривает. Тогда немецкий офицер предлагает Анатолию спасти свою жизнь, застрелив своего товарища, и даёт ему пистолет с одним патроном. Анатолий бьется в истерике, но всё же стреляет в Тихона, и тот падает за борт. Немцы оставляют Анатолия в живых, минируют баржу и покидают её. Анатолий остаётся на заминированном судне, которое вскоре взрывается.
Действие переносится в 1976 год. Значительно постаревший инок Анатолий трудится в монастыре истопником. Живёт он в котельной, где спит на угле. Теперь он — отец Анатолий. К нему, как к старцу, с разными нуждами и болезнями приезжают люди, так как он обладает даром прозорливости и способностью исцелять при помощи молитвы. Странностей же старца Анатолия некоторые монахи не понимают, он молится отдельно от всех них, опаздывает на службу, ни с того ни сего начинает громко запевать песни. В числе непонимающих — отец Иов, завидующий отцу Анатолию из-за его дара. Настоятель, отец Филарет, пытается наладить отношения с отцом Анатолием, отвечая на жалобы отца Иова. Однако, несмотря на смирение и раскаяние, старцу не даёт покоя совершенное им преступление. Он часто садится в лодку и уплывает на уединённый остров, где усердно молится и кается в совершённом грехе.
Теперь Анатолий знает, что может спокойно умереть. Анатолий ложится в гроб, принесённый Иовом специально для Анатолия, и просит Иова пойти и сказать братии, что он скончался. Иов бежит к колокольне и бьёт в колокола, оповещая о смерти старца. Гроб с телом монахи везут в лодке на его остров.
